وقتی گزارش یک آزمایش ژنتیک، مثلاً پانل ژن یا اگزوم، به دستتان می‌رسد، معمولاً یک یا چند واریانت در آن آمده است. اولین سؤال این است: «آیا این واریانت قبلاً دیده شده و درباره‌ی بیماری‌زا بودنش چه می‌دانیم؟» یکی از اولین جاهایی که برای جواب این سؤال سر می‌زنیم ClinVar است.
ClinVar چیست؟
ClinVar یک پایگاه داده‌ی عمومی و رایگان است که مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری آمریکا (NCBI) نگهداری می‌کند. آزمایشگاه‌های تشخیص ژنتیک، گروه‌های پژوهشی و پانل‌های تخصصی از سراسر دنیا نظر خود را درباره‌ی واریانت‌ها در آن ثبت می‌کنند. هر ثبت شامل این اطلاعات است: کدام واریانت، برای کدام بیماری، چه طبقه‌بندی‌ای، با چه شواهدی و در چه تاریخی.
نکته‌ی مهم: ClinVar خودش واریانت‌ها را طبقه‌بندی نمی‌کند. نظر ثبت‌کننده‌ها را جمع‌آوری و خلاصه می‌کند. پس کیفیت هر ثبت به ثبت‌کننده‌ی آن بستگی دارد.
قدم ۱: واریانت را جستجو کنید
در صفحه‌ی اصلی ClinVar یک کادر جستجو هست. واریانت را می‌توانید به چند شکل جستجو کنید:
- نام‌گذاری HGVS با ترنسکریپت: مثلاً
NM_000546.6:c.743G>A. این دقیق‌ترین روش است. شماره‌ی ترنسکریپت (NM_) و نسخه‌ی آن را از گزارش آزمایش بردارید. - شناسه‌ی dbSNP: مثلاً
rs28934576، اگر در گزارش آمده باشد. - نام ژن به‌همراه تغییر پروتئینی: مثلاً
TP53 p.Arg248Gln. این روش راحت است ولی ممکن است چند نتیجه بدهد. - نام ژن به‌تنهایی: مثلاً
BRCA1، برای دیدن همه‌ی واریانت‌های ثبت‌شده‌ی یک ژن.
اگر واریانت را با مختصات ژنومی جستجو می‌کنید، دقت کنید گزارش بر اساس کدام نسخه‌ی ژنوم مرجع است: GRCh37 (hg19) یا GRCh38 (hg38). شماره‌ی جایگاه در این دو نسخه فرق دارد و اشتباه گرفتنشان رایج‌ترین خطای مبتدی‌هاست.
قدم ۲: طبقه‌بندی را بخوانید
برای واریانت‌های ارثی (germline)، طبقه‌بندی بر اساس معیارهای ACMG/AMP در پنج گروه است:
- Pathogenic: بیماری‌زا
- Likely pathogenic: احتمالاً بیماری‌زا
- Uncertain significance (VUS): با اهمیت نامشخص
- Likely benign: احتمالاً خوش‌خیم
- Benign: خوش‌خیم
اگر ثبت‌کننده‌ها با هم توافق نداشته باشند، ClinVar عبارت Conflicting classifications of pathogenicity را نشان می‌دهد. در این حالت باید جزئیات هر ثبت را جداگانه خواند.
ClinVar برای واریانت‌های سوماتیک سرطان (تغییراتی که فقط در بافت تومور هستند) طبقه‌بندی‌های جداگانه‌ای دارد: اثر بالینی سوماتیک (Somatic clinical impact) و انکوژنیسیته (Oncogenicity). این‌ها را با طبقه‌بندی ارثی قاطی نکنید.
قدم ۳: به ستاره‌ها نگاه کنید
کنار هر طبقه‌بندی یک وضعیت بازبینی (Review status) با ۰ تا ۴ ستاره آمده است. این ستاره‌ها نشان می‌دهند چقدر می‌توان به آن طبقه‌بندی اعتماد کرد:
- ۴ ستاره: رهنمود بالینی (practice guideline)
- ۳ ستاره: بازبینی‌شده به‌دست پانل متخصص (reviewed by expert panel)، مثلاً پانل‌های ClinGen
- ۲ ستاره: چند ثبت‌کننده با معیار مشخص و بدون اختلاف نظر
- ۱ ستاره: یک ثبت‌کننده با معیار مشخص، یا چند ثبت‌کننده با اختلاف نظر
- ۰ ستاره: بدون معیار مشخص برای طبقه‌بندی
قاعده‌ی سرانگشتی: طبقه‌بندی ۰ یا ۱ ستاره را فقط یک سرنخ بدانید، نه یک جواب قطعی.
قدم ۴: جزئیات را بخوانید
در صفحه‌ی هر واریانت، پایین‌تر از خلاصه، فهرست ثبت‌ها آمده است. برای هر ثبت این‌ها را نگاه کنید:
- بیماری (Condition): یک واریانت ممکن است برای یک بیماری بیماری‌زا باشد و برای بیماری دیگر نه. مطمئن شوید بیماری ثبت‌شده با علت درخواست آزمایش جور است.
- تاریخ آخرین ارزیابی: طبقه‌بندی‌های قدیمی، به‌ویژه VUSهای قدیمی، ممکن است با شواهد جدید تغییر کرده باشند.
- ثبت‌کننده: آزمایشگاه‌های تشخیصی معتبر و پانل‌های متخصص وزن بیشتری دارند.
- شواهد و توضیحات: بعضی ثبت‌کننده‌ها معیارهای ACMG استفاده‌شده یا خلاصه‌ی شواهد را نوشته‌اند. این بخش بیشترین اطلاعات را می‌دهد.
خطاهای رایج
- «در ClinVar نیست، پس بی‌خطر است.» نه. نبودن یک واریانت در ClinVar فقط یعنی هنوز کسی آن را ثبت نکرده است.
- تصمیم بالینی بر اساس VUS. واریانت با اهمیت نامشخص نباید مبنای تصمیم درمانی یا تصمیم درباره‌ی بارداری باشد.
- نادیده گرفتن ستاره‌ها. «Pathogenic» با ۰ ستاره با «Pathogenic» با ۳ ستاره ارزش یکسانی ندارد.
- اکتفا به ClinVar. برای تفسیر کامل، فراوانی واریانت در جمعیت (مثلاً در gnomAD)، پیش‌بینی‌های نرم‌افزاری، مقالات و سابقه‌ی خانوادگی هم باید بررسی شوند.
یک نکته برای جمعیت ایران
بیشتر داده‌های ClinVar و gnomAD از جمعیت‌های اروپایی و آمریکایی است. واریانتی که در آن‌ها نادر است ممکن است در جمعیت ایران، به‌ویژه در ازدواج‌های خویشاوندی، فراوان‌تر باشد. برای همین مقایسه با داده‌های جمعیت ایرانی، مثل پایگاه Iranome، هم مفید است.
خلاصه
- با HGVS و شماره‌ی ترنسکریپت جستجو کنید.
- به طبقه‌بندی و به‌ویژه به ستاره‌ها نگاه کنید.
- بیماری، تاریخ و ثبت‌کننده‌ی هر ثبت را بخوانید.
- ClinVar را یکی از منابع تفسیر بدانید، نه تنها منبع.
لینک ClinVar و ابزارهای مرتبط مثل gnomAD و OMIM را در صفحه‌ی لینک‌های مفید پیدا می‌کنید. اگر از ایران به سایت‌های NCBI دسترسی ندارید، ممکن است به‌دلیل محدودیت‌های دسترسی باشد.
این مطلب برای آزمایشگاهیان، پزشکان و دانشجویان نوشته شده است. تفسیر نهایی واریانت‌ها و تصمیم بالینی با متخصص ژنتیک و پزشک معالج است.